L’ENSIIE devient un EPA, Etablissement Public Administratif autonome, sous la tutelle directe du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, créé par décret du 1 août 2006. L’ENSIIE a une convention avec l’Université d’Evry Val d’Essonne qui permet la mutualisation de moyens et la synergie au niveau de l’enseignement et de la recherche.